甲功三項和甲功五項主要的區別，是甲功五項比甲功三項多兩個總的甲狀腺激素，即總T3和總T4。甲功三項測的是游離FT3、游離FT4以及促甲狀腺激素水平，如果FT3和FT4出現增高，而TSH是下降趨勢，則提示發生甲狀腺功能亢進癥。如果FT3、FT4下降，而TSH是升高狀況，則提示發生原發性甲狀腺功能減退癥。如果TSH下降，FT3、FT4也下降，則提示是垂體發生問題，稱為垂體性甲狀腺功能減退。如果TSH升高，FT3、FT4也升高，并且患者表現為甲狀腺功能亢進的表現，稱為中樞性甲亢，根本原因可能是垂體發生TSH瘤。甲功五項還包括總T3和總T4，其與游離T3、T4有區別，游離的T3、T4沒有和白蛋白相結合。如果孕婦因為體液問題血液發生稀釋，白蛋白水平會下降，此時要查游離T3、T4會比較準確。因為結合的T3、T4可能會受到白蛋白水平影響，而不能正確反映患者的甲狀腺功能狀態。