長期吃抗甲亢的藥物，對身體主要有以下副作用：1、肝功能損害：甲亢的藥物分為兩大類，代表分別是甲巰咪唑和丙硫氧嘧啶。甲巰咪唑所導致肝功能損害，一般是以膽汁淤積為主要常見的肝功能損傷。而丙硫氧嘧啶，一般會導致肝功能的破壞性損害，尤其是安卡相關的小血管炎性免疫性損害，其后果一般會比較的嚴重，甚至會出現肝衰竭的狀況；2、血細胞損害：患者長期吃甲亢的藥物，可以損害到血細胞，會導致白細胞、中性粒細胞的下降。此情況下，要求患者在吃甲亢的藥物時，就要進行提前的預防。由于一旦出現比較嚴重的白細胞下降，甚至發生粒細胞缺乏的狀況，對于人體是較為嚴重的打擊，隨時都可能會遭受感染菌、細菌，或者是病原菌的入侵，而身體又毫無抵抗力，會導致較為嚴重的敗血癥，以及其他危及生命狀況存在；3、皮膚的損害：比如過敏性皮疹反復的發生，難以治愈。如果較為嚴重，需要停止抗甲亢藥物治療，尋找其他方法進行抗甲亢治療。