雷貝拉唑作為抑酸藥物，治療不同的疾病，用藥時間也會略有差異。若雷貝拉唑是用于治療胃食管反流病、反流性食管炎，通常初始治療療程建議為8周左右，在維持治療階段因人而異，部分患者癥狀控制較好，可能初始治療后不用服藥。部分患者合并食管裂孔疝，較難完全停藥，可能需要小劑量長期維持治療。雷貝拉唑還可以治療消化性潰瘍，如胃潰瘍、十二指腸潰瘍，也屬于短期療程，6-8周潰瘍可達到完全愈合，此時雷貝拉唑可以停藥。雷貝拉唑類的抑酸藥還可以聯合抗生素以及鉍劑進行治療，即四聯療法。上述四種藥物聯合，可以進行幽門螺桿菌的根除治療，療程通常是10-14天。無論疾病是否治愈，療程結束后應立即停止服藥，停藥1個月后需再次進行呼氣試驗，幫助判斷幽門螺桿菌是否根除。