切除扁桃體，通常不會對身體產生較大的影響。在4歲之前，身體免疫系統正在建立過程中，扁桃體具有重要的抗原呈遞的意義，所以通常在4歲以前，不建議進行扁桃體切除。當4歲以后免疫系統已經趨于成熟，扁桃體作為外周免疫器官，免疫功能逐漸下降，至成年以后，扁桃體的免疫功能幾乎已經退化，部分情況可以進行扁桃切除，包括以下幾種：1、慢性扁桃體炎，并且反復發作；2、扁桃體過度肥大，影響到呼吸、吞咽或者發音功能；3、扁桃體已經作為全身疾病的病灶；4、患者是某些疾病的帶菌者，例如白喉；5、存在扁桃體良性腫瘤，淋巴瘤懷疑在扁桃體有相應表現。通常切除扁桃體之后對機體的整體免疫力沒有重大影響，去除已經是病灶或者病變的扁桃體，對身體反而有益。