激光去除扁平疣的效果較好，在臨床上主要用的是二氧化碳激光，在操作時比較表淺，且治療效果幾乎和液氮冷凍的治療一樣。當扁平疣的病毒感染組織以后，會形成增殖性的疣體，當激光打到疣體后，首先會被破壞掉組織，繼而會結痂，而一般經過七天以后痂會脫落，之后再長出新的皮膚組織，此時相當于將扁平疣去掉了，所以激光的效果較好，且因為治療比較表淺，一般不容易落下瘢痕。 但是因此會留下色沉斑或者色素減退斑，尤其是面部的扁平疣，在用激光治療以后，為了防止落下瘢痕，或者色素沉著斑、色素減退斑等問題，激光治療以后要盡量避免日光照射，外出時要戴上口罩進行防護。