肝功能的檢查對于肝癌的診斷，沒有確切依據，但可以對肝臟手術的實際判斷，以及肝癌的預后提供參考依據。肝癌的診斷，主要指實驗室的檢查，以甲胎蛋白為主。臨床上甲胎蛋白是診斷肝癌的一個重要的專業性指標，通常較多肝癌患者，甚至到中期時，肝功能都正常，但并不表示沒有肝癌。 由于肝臟的代償能力較強，只要有一小部分肝臟情況較好，即可代替整個人的新陳代謝需要，因此肝功能也會顯示正常。但實際上并不代表患者沒有患肝癌，有較多肝癌患者甚至到中晚期，指標均為正常，所以肝功能正常，也有可能顯示為肝癌。