長在宮頸上的囊腫，大部分是宮頸慢性納式囊腫，不需要治療。大到一定程度合并感染時，少數必要時采取手術切除。子宮上的囊性腺腺肌病，部分病人可引起痛經，必要時才采取手術。一般的囊腫需定期觀察，大部分的囊腫長在卵巢上。如果出現卵巢囊腫，較小的需定期隨診，如果>4cm，需觀察囊腫是否持續存在。原則上間隔半年以上叫做持續存在，有必要手術治療。卵巢上的囊腫處理更積極，子宮上的囊腫處理反倒沒有那么積極。因為子宮上的囊腫大部分均屬于良性，而卵巢上的囊腫有良性、交界性，甚至惡性，且卵巢部位相對比較隱匿。