小針刀治療存在一定疼痛感，因為小針刀的針較粗且為扁平刃，寬于圓利針尖可能導致疼痛感，但多能夠被接受。對于特殊部位可能疼痛較明顯，如手部腱鞘炎或足底部跟骨骨刺，應用小針刀進行治療時需注射麻醉藥物。此外，肩周炎、頸椎病、腰椎病患者可接受無麻藥治療，因為注射麻藥過程中，由于注射器針尖較粗，也可能產生疼痛。如果松解力度相對較輕也可進行無麻藥治療，但若松解力度較大，則建議進行局麻處理，使患者在舒適狀態下接受治療。