治療病毒性心肌炎首先應該選用的藥物是干擾素，病毒性心肌炎的直接原因是病毒感染，所以抗病毒治療是治療病毒性心肌炎中的重要組成部分。抗病毒治療主要適用于疾病早期，也就是急性心肌炎早期，一般抗病毒藥物并不能進入細胞，但是多數的研究結果發現，病毒性心肌炎患者存在著免疫失控，所以通過調節免疫，有利于糾正免疫失控。干擾素是一類具有高活性、多功能的蛋白質，其抗病毒和調節細胞免疫功能的作用已經被肯定，多項的研究結果還提示干擾素對于病毒感染早期的心肌細胞有明顯的保護作用，可以保護細胞免受病毒的干擾和破壞。此外，良好的休息以及心肌營養藥物的應用，以及高維生素、高蛋白的飲食，對于患者的恢復也有益處，所以從整個治療過程以及研究結果來看，早期應用干擾素治療急性病毒性心肌炎有益處。