補牙本身不疼，對于中等深度的牙洞，牙洞離牙神經有一段距離，大概2mm以上，此時將壞死組織取凈，直接補起來即可，用時較短，常為20-30分鐘。如果牙洞較深，接近牙神經，即接近牙髓腔，去除壞死牙體組織時需慎重。在淺部可用高速牙鉆將壞死牙體組織清理干凈，接近深部時，用低速牙鉆慢慢磨，避免不慎將牙神經磨穿。使用低速牙鉆磨時，如果感覺距離牙神經較近，使人感到不適，需更換手工工具，進行最深部的蛀牙牙體組織清理，清理干凈后進行補牙，但是清理需要的時間較長，通常為30分鐘以上。清理較深的牙洞時，病人可有疼痛的表現，可以注射麻藥后再進行深部操作。所以補牙時，淺或中等深度的蛀牙通常不會有疼痛感，深的蛀牙有疼痛時，可以通過注射麻藥解決疼痛。