小兒四磨湯是比較溫和的中藥復合制劑，對孩子基本上沒有特別明顯的副作用，但要嚴格把握小兒四磨湯的應用癥。孩子身體健康不建議用小兒四磨湯，如果健康孩子服用，可能導致菌群失調、胃腸功能紊亂，一定要在醫生指導下用藥，不能盲目應用。冬季用藥不能從冰箱拿出來直接飲用，需要在溫水中溫5-8分鐘，達到室溫后再服用，而且要注意過期后不能服用。小兒四磨湯不能長期服用，如果服用超過三天臨床癥狀未見明顯緩解，或者癥狀加重，就證明小兒四磨湯對孩子現有癥狀不對癥，需要立即停用并到醫院就診，明確出現癥狀的原因，從而針對性選擇用藥。