肚子咕咕叫主要是胃腸道蠕動活躍導致，病因上可分為器質性和功能性兩大類，具體如下：1、功能性病變：功能性的最多見的是腸道生理狀況下腸道蠕動較快，有可能是饑餓的前期。第二，腸易激綜合征在發作時，不僅腸道功能受損，而且還會存在蠕動亢進的現象，腸道中的水分和氣體，在腸道蠕動的過程中，會發出咕咕叫的聲音。第三，腸道菌群紊亂，當人體存在腸道菌群失衡時，腸道中的不良菌群會與食物殘渣發生反應，產生氣體，這些氣體在食糜中穿行，就會引起咕咕叫的聲音。第四，進食大量產氣的食物，比如紅薯、白蘿卜、豆腐等，及一些不易消化的高脂肪、高蛋白的食物，可以導致消化不良癥狀的出現，也會引起肚子咕咕叫的情況；2、器質性病變：主要見于腸梗阻、急性腸炎、炎癥性腸病、胃腸道腫瘤、胃腸道潰瘍、腸結核、腸道寄生蟲病等，病理狀態會導致腸道炎癥滲出物增多，刺激腸道蠕動加快，出現病理性的改變，尤其腸梗阻在發作時，由于腸道梗塞，致使上邊的內容物不能及時向下排出，導致腸腔過度擴張、食糜堆積，也會引起腸鳴亢進、肚子咕咕叫的現象。