肺結核治療失敗的原因包括結核菌本身、病灶較重以及用藥不規范等，具體如下：1、結核菌本身：結核菌可能是好治的類型，也可能是難治的類型，如果屬于難治的類型，對現有的抗結核藥物產生耐藥性，就意味著用藥再多、再好也無法控制結核菌。為了查明治療失敗的原因，可以通過肺結核菌培養和藥物敏感性試驗來確定；2、病灶較重：肺結核病灶特殊也可能導致治療失敗，例如病灶較大，抗結核藥物無法進入病灶內發揮有效的抗結核菌作用；3、用藥不規范：選擇不合適的治療方案也是導致治療失敗的原因之一，應根據病人的情況來及時調整治療方案。