卵巢囊腫的病因目前尚不明確，雖然做了大量科學調查，分析研究，發現基因水平可能是最主要因素，但目前為止也沒有得到非常徹底的澄清。雖然卵巢囊腫的病因并不明確，但宮頸癌的病因非常明確，為HPV造成。但其他的腫瘤，如卵巢癌、陰道癌、輸卵管癌等原因也并清楚。卵巢囊腫的病因雖然不清楚，但并不影響對卵巢囊腫的處理，就是小的時候不用管它，進行隨訪即可。稍微大一點囊腫應進行切除，避免扭轉、破裂、惡變，進行早期處理。一旦發生惡變或本身就是惡性腫瘤，應進行非常徹底的手術切除，術后根據情況給予輔助治療。