首先肛瘺會發生癌變。肛瘺即有炎性物質反復對肛門、肛管進行炎性的刺激，長時間的刺激以后可能導致局部特殊變化，最后出現癌變。癌變時間目前報道最快的是12年，即12年肛瘺沒有進行治療，反復刺激以后最后發現的癌變，也稱為肛瘺癌變。 還有一種情況是癌性肛瘺，因為癌引起來的肛瘺和上述問題不同。但是如果是單純炎性腸病或者普通肛瘺，6年時間發生癌變的情況目前還沒有報道。但是如果長期不進行治療，則有可能發生癌變。 所以建議患者出現肛瘺后不應再拖延，病史6年的患者應該盡快進行手術治療。