血吸蟲不能根治的主要因素，是在使用抗寄生蟲藥物治療血吸蟲的過程中，血吸蟲卵死亡，但并不能完全碎解，死亡的血吸蟲卵依然沉積在結腸或者肝臟的門靜脈系統，不能被完全清除掉。即便是死亡，對于人體也是異體存在，依然會刺激周圍形成肉芽腫、鈣化。所以可能會發現將來的結腸息肉里有血吸蟲死卵，或者肝臟的肝硬化形成，其實是由于死卵造成的門靜脈系統的損傷造成纖維化，以至于發育為肝硬化。針對血吸蟲的治療，還是在急性期進行治療效果最好。每年在疫區的普查、普治，要完善的配合，達到盡早的殺死血吸蟲蟲卵的目的，殺死之后雖然仍有沉積，但畢竟不會釋放出抗原成分，不會刺激機體炎癥進一步產生反應，也不會形成更多的損傷。所以血吸蟲的治療，依然是早診斷、早治療。