腎結石的手術方式有微創的內鏡方法和開放方法。內鏡方法做結石引起傷口感染的幾率比較低，其感染多為腎盂內感染或膿毒血，通常與手術中腎盂內的壓力控制有關系。如果術中腎盂內壓力控制得很低，很少會出現膿毒血癥。因內鏡方法沒有手術創面，因此很少引起切口的感染。經皮腎只有通道，也很少會引起感染。如果是開放手術，由于結石本身是感染源、異物，會附著很多細菌，可能出現切口感染。出現切口感染通常需拆除縫線，充分引流傷口，適當應用抗生素。絕大多數結石引起的傷口感染，恢復比較順利，不至于有特別嚴重的后果。