激光矯正近視是目前十分安全高效的治療手段，但作為手術也同樣存在發生幾率較低的危害，表現為術后患者可能發生干眼或使原有干眼癥狀加重。因為激光可能傷及角膜的神經末梢，從而導致干眼癥狀加重。另外，激光矯正手術后患者還有可能發生過矯、欠矯或術后視力回退的情況。此外，部分術式需要制作角膜瓣，因而可能導致患者術后發生角膜瓣的復位不良、角膜瓣下混濁以及角膜感染等危害。還有部分患者在激光矯正近視眼手術后會發生眩光，視覺質量無法得到較好的提升。盡管上述危害的發生幾率極低，但也仍然存在。