單純原發性三叉神經痛通過核磁無法檢查出來。而繼發性三叉神經痛為壓迫性或腫瘤性、感染性，此類三叉神經痛可以通過頭顱核磁，尤其是三叉神經薄層核磁鑒別。因原發性三叉神經痛常為遺傳原因或局部炎癥等，或不明原因誘發，從而出現三叉神經痛。此種情況常表現在橋小腦區域或三叉神經走行區域內，并沒有明顯異常，但三叉神經本身出現異常放電狀態。所以三叉神經痛診斷除此檢查外，要借助臨床表現，甚至體格檢查，從而明確診斷。 原發性三叉神經痛頭顱核磁并沒有顯著異常，在面部發作是劇烈爆發狀態，在面部體檢時經常有扳機點存在。醫生可借助以上三個因素去診斷三叉神經痛。