服用米索前列醇后的疼痛程度，約為平常痛經的2-3倍，但是遠不及人工流產的疼痛程度。人工流產的疼痛約為服用米索前列醇的幾倍，甚至十幾倍，所以藥流相對痛苦較小。藥流指征為停經≤49天，若超過此范圍，孕囊過大，藥流的失敗率將會較高，需要行人工流產。藥流后第1天需服用服用米非司酮，米非司酮為孕激素拮抗劑，可使胚胎松動。第3天時服用米索前列醇，可誘發宮縮，將松動的孕囊排出體外。一般服用米索后15-20分鐘便出現宮縮、腹痛，宮縮持續幾個小時后可見孕囊排出。