扁平舌苔蘚的病因主要與自身免疫、內分泌調節、細菌感染、系統性疾病、遺傳因素、心情和精神因素的影響有關。但目前尚不能準確判定。 1.感染因素 早期曾認為與病毒和細菌感染有關，但都沒有確鑿的證據。 2.精神神經因素 患者因環境、家庭、工作，個人生活等各方面原因，身心活動受影響，精神受到創傷，緊張、焦慮、抑郁等，使機體發生心理、病理、生化代謝等一系列變化、產生失調紊亂而致病。 3.內分泌因素 本病女性患者較多，病情波動與妊娠、更年期以及一些影響內分泌功能的藥物有關。患者雌二醇，睪酮含量多低于正常人。 4.微量元素 在檢測患者頭發微量元素時，發現鋅、碘等，均低于正常，而鎳高于正常。 5.系統性疾病因素 扁平苔蘚患者多伴有各種不同的全身性疾病或癥狀，不少患者發病及病情發展與某些系統疾病存在有關，如糖尿病、肝炎、高血壓、消化道功能紊亂等。 6.局部刺激因素 不同金屬修復體在口內形成電位差。另外，充填物的刺激等，可引起口腔黏膜苔蘚樣改變。 7.遺傳因素 有人發現本病有家族史傾向，家族性扁平苔蘚患者所攜帶的HLA型基因，明顯高于非家族性扁平苔蘚的對照組，說明扁平苔蘚發病與遺傳因素有關。 8.免疫學因素 現多認為扁平苔蘚為免疫功能低下引起，可導致對一種未明病毒易感性，并提出患者存在體液免疫紊亂。