牙周息肉治療是根據髓室底穿孔位置大小而定，故治療前需通過拍攝X光片，觀察根分叉處髓室底影像是否聯系，同時探查息肉來源位置后，根據髓室底破壞程度選擇相應治療方法。若穿孔較小，可采取NTA修補穿孔后，再對牙齒進行根管治療，若穿孔較大，但牙周、牙體完整性較好，則可選擇分根術，施行根管治療將牙齒一分為二，治療后再做冠修復。 若發現穿孔破壞較大，且根分叉處病變也較嚴重，則需拔除患牙。此類治療方法療效均不太確定，且費用非常高，治療后還要定期觀察，一旦發現病變加重，炎癥未得到控制，則需拔除患牙。 總而言之，牙周膜息肉臨床治療較謹慎，若患者有意識選擇保留牙齒，醫生會試著去保留，但通常會建議拔除患牙。