有滴蟲性陰道炎通常建議口服用藥，因為滴蟲不僅存在于陰道內，在陰道的皺褶、尿道、尿道旁腺、前庭大腺，滴蟲都可能會存在，造成隱匿性的感染。如果僅陰道用藥，治療不了其他部位的滴蟲感染，所以滴蟲性陰道炎推薦全身用藥。全身用藥可以用甲硝唑，甲硝唑的治愈率達到90%-95%左右，也可以選擇替硝唑，替硝唑治療的治愈率達到86%-100%左右，對于一次性感染滴蟲可以這樣治療。也推薦對于性伴侶的治療，就是發現有滴蟲性陰道炎的時候，患者的性伴侶也要治療，而且在發現陰道炎之前的4周內，患者接觸的性伴侶也建議進行治療，因為互相傳染的可能性比較大。