先天性顱骨缺損的病因一般為嬰幼兒腦膜或腦組織膨出導致顱骨閉合受阻，隨著腦部的發育生長，未閉合處逐漸形成缺損。如先天性顱骨缺損患者的缺損面積較大，一般需進行鈦合金、鈦板等人工骨的修補手術，同時需針對造成缺損的原因進行處理。如病因為腦膜及腦組織膨出，需將膨出的腦膜及腦組織壓至腦內，進行嚴密的縫合，并使用修復材料進行顱骨缺損的修補，以保護腦組織。