膽結石的疼痛部位由結石所在位置而定。膽囊結石多表現為右上腹隱痛，急性發作時右上腹或肝區劇烈絞痛，引起膽囊結石合并急性膽囊炎。 肝外膽管結石多表現為中上腹或中上腹偏右的疼痛，或餐后明顯隱痛，急性發作時中上腹或右上腹絞痛，可能合并出現發熱、皮膚黃染、尿黃，引起急性膽管炎。膽總管結石患者會引起急性膽源性胰腺炎，表現出中上腹或右上腹持續性劇烈疼痛，且惡心嘔吐后無緩解，血淀粉酶增高。