布加綜合征屬于進行性損害，如不治療無法自愈，預后較差，自然病程取決于布加綜合征的病變部位、性質、范圍以及嚴重程度。如肝段下腔靜脈阻塞者，病程相對較長，肝靜脈段阻塞者，發病快、病程短，如為急性發作的布加綜合征，病程更短，嚴重者數周內即可死亡，亞急性、慢性患者，病情發展緩慢，病程可以持續十年，甚至數十年，可引起淤血性肝硬化、肝功能衰竭、肝性腦病、肝腎綜合征以及肝昏迷，嚴重者可并發肝癌。