藥物流產的過程會疼，通常發生于服用米索前列醇的當天。藥物流產時需要應用米非司酮，該藥可使孕囊失去活性，并與子宮內膜出現分離。大部分女性在口服米索前列醇后1-2小時，出現子宮收縮，進而感覺到疼痛，如同痛經。部分女性對疼痛較敏感，可能會感覺到疼痛較劇烈。子宮收縮會促使宮腔內的蛻膜及孕囊排出，女性在疼痛后會出現陰道出血，出血量類似月經，甚至更多。當孕囊及蛻膜完整排出后，女性的疼痛程度會減輕。而部分較敏感的女性服用米非司酮后也會出現少量陰道出血，甚至出現宮縮、腹部疼痛等癥狀。