小兒腹瀉最常見的檢查，是大便常規。大便常規根據白細胞、紅細胞，判斷感染性或者非感染性的因素；電解質檢查，可了解鉀、鈉、氯是否失衡；血氣分析，可判斷酸堿平衡是否混亂或代謝性酸中毒、堿中毒是否存在；明確病原體，即大便培養，根據藥敏結果，選用合適的抗菌的藥物。大便培養指腹瀉患兒判斷是否細菌感染時，大便分離進行細菌培養，若培養出細菌，需進行藥敏試驗判斷細菌感染類型，進行相應的抗生素治療。