先天性心臟病手術后是否遺留后遺癥取決于技術，也取決于患者的一些情況。在技巧越高的醫院進行手術，可能患者后遺癥越少，但如果病情很復雜，手術技術再高超，也不可避免會有后遺癥，比如大動脈轉位患者可能本身傳導系統就紊亂，手術中可能會影響傳導系統。無論手術如何設計，都可能對傳導系統造成不可避免的損傷。 先天性心臟病手術后其它一些并發癥包括氣胸、合并感染、出血等，還有術后患者可能發生心衰以及電解質紊亂等，以上后遺癥在術后經過實時觀測、監測，大部分都可以治療，在短期內恢復。手術實際上是最重要的一個環節，如果把控好，能夠在治療中達到完全性生理性救治，大部分都可以渡過難關，得到康復。