支原體肺炎并發癥包括肺膿腫、氣胸、肺囊腫、肺氣腫、支氣管擴張，還有一些閉塞性的支氣管炎。嚴重病人會引起心臟、呼吸功能衰竭，彌漫性血管內凝血或急性呼吸窘迫綜合征，病人呼吸比較窘迫、急促，可引起嘴唇、肢端發紺，雙肺聞及遍布干濕啰音，需要緊急處理，否則很容易在短時間內病情加重，甚至引起死亡。