牙周炎通常用西藥治療，臨床主張局部用藥，如牙齒周圍牙結石及死角位置清潔干凈后，將藥注射在牙齦的齦袋中，即牙肉的肉縫中。針對牙周病的致病菌，可使用滅滴靈，又名甲硝唑，厭氧菌在無氧情況下皆能存活，此藥物可抗厭氧菌。通常不主張全身或口服用藥，通過代謝至牙齒周圍部位藥效較低，大部分被身體代謝，毒性較大。因此，此類藥物需局部點對點用藥，直接針對牙周組織上藥，效果好、毒性小。