胃間質瘤體積較大，惡性特征表現明顯。如超過5cm的胃間質瘤，具備轉移、復發的能力。即便進行治療，仍可發生轉移。首先易轉移到肝臟，如發展到全身，難以通過局部治療進行治愈，惡性程度高，可縮短患者壽命。口服藥物對病情進行相應控制，待肝臟病灶縮小后，通過局部治療，如射頻、介入、放射治療，最大限度地殺滅腫瘤。胃間質瘤患者的生存時間無法預估，存在一定個體差異。部分患者可以生存若干年，甚至通過綜合治療可達到治愈，不影響預期壽命。