骨軟骨瘤目前無相應的藥物降低其發生率，主要以手術治療為主，手術切除軟骨瘤周圍軟骨帽，軟骨瘤的基底部和相應骨膜部分，術后復發率較低，基本能做到根治。其惡變概率約為1%，但是多發性軟骨瘤惡變率相對較高，惡性表現為生長迅速的軟組織包塊或頂部呈菜花狀的軟骨瘤，合并惡變率會增大。基底部寬的軟骨瘤也存在惡變傾向，此類型病變，建議積極手術。