卵巢囊腫病情嚴重程度與囊腫類型有關，卵巢單純性囊腫、黃體囊腫，無明顯危害和并發癥，隨訪過程中若囊腫不再增大，一般不會引起器質性改變。但卵巢囊腫生長到5-6公分者，在劇烈運動下會發生蒂扭轉，引起急性下腹痛，需要進行手術處理。另外，子宮內膜異位癥所致的巧克力囊腫，可引起痛經、月經失調，嚴重者導致不孕，相對較嚴重。