消化性潰瘍基本的藥物治療為抑酸治療。抑酸分為兩種藥物，H2受體拮抗劑（西咪替丁、法莫替丁、雷尼替丁）適用于常規患者。 PPI（奧美拉唑、泮托拉唑、雷貝拉唑）適用于高酸患者，主要副作用為粒細胞減少，抗酸藥為堿性制劑，如碳酸氫鈉、強堿弱酸鹽用于中和胃酸，緩解疼痛。黏膜保護劑為鉍劑、瑞巴派特，消炎藥選用阿莫西林效果較好。具體用藥請結合臨床，由醫生面診指導為準。