甲狀腺惡性腫瘤早期多采取患側甲狀腺切除，聯合周圍淋巴結清掃，如果病灶較多、影響對側甲狀腺，可進行雙側甲狀腺切除，聯合周圍淋巴結清掃。腫瘤轉移至頸側區淋巴結者，還需進行頸淋巴結清掃。晚期患者可侵犯食道、氣管，手術相對復雜，需進行氣管重建、食道吻合。隨著外科技術發展，臨床出現一些新型手術，如甲狀腺腔鏡手術、機器人手術，但目前仍存在一定爭議。