腹部MRI的適應證相對CT檢查較少，針對肝臟、脾臟、胰腺、腎上腺、雙腎等實質性器官，其呼吸運動度較小，可通過屏氣達到器官靜止不動的狀態，檢查效果較好。此外，針對子宮、卵巢、前列腺等盆腔部疾病，首選MRI檢查，若存在病變，可通過檢查明確診斷。例如育齡期婦女，經MRI可觀察其卵巢狀態，甚至卵泡亦可明確辨認。因此，若發生卵巢病變，如卵巢腫瘤時，經CT檢查往往無法定性，可經MRI檢查確診。