射波刀治療副作用較輕，但也不可能沒有任何的不良反應。在頭部治療中，進行照射之后的1到2周會出現頭發的脫落，一般3-4個月之后，頭發就會生長出來，并且掉落頭發的面積跟照射的范圍有關。 另外，還可能出現腦組織水腫，這種情況是正常的。只有到高劑量照射的時候，腦組織水腫才會比較明顯。繼續使用一段時間的脫水劑以及激素治療就會好轉。除此以外，部分病人在治療之后，可能出現頭痛，頭暈的癥狀，但發生的比例很低。 射波刀治療也可能誘發放射性肺炎。對于肝和脊柱的腫瘤的治療，因為照射的范圍比較大，會帶有一些射線的散射，病人有可能會出現白細胞下降的狀態?？梢酝ㄟ^促進細胞生長因子藥物來使白細胞回到正常水平。部分病人出現血小板的下降，通常情況下是不需要進行糾正的。