胃間質瘤主要與兩種病鑒別，第一種是胃癌，胃癌主要發病于胃黏膜層，常規胃鏡檢查，病理活檢，基本可以確診，且胃癌患者血液中CA724或者CEA等腫瘤標志物可能升高。胃間質瘤發病于固有肌層或漿膜下，常規的胃鏡檢查不易發現，常用超聲內鏡觀察腫瘤發生的肌層和部位作出診斷，腫瘤標志物無明顯變化。第二種是胃神經鞘瘤，胃神經鞘瘤可采用術前超聲內鏡下的穿刺活檢明確診斷，胃間質瘤診斷主要依據胃的超聲內鏡和腹部增強CT檢查。