胃間質(zhì)瘤主要與兩種病鑒別，第一種是胃癌，胃癌主要發(fā)病于胃黏膜層，常規(guī)胃鏡檢查，病理活檢，基本可以確診，且胃癌患者血液中CA724或者CEA等腫瘤標志物可能升高。胃間質(zhì)瘤發(fā)病于固有肌層或漿膜下，常規(guī)的胃鏡檢查不易發(fā)現(xiàn)，常用超聲內(nèi)鏡觀察腫瘤發(fā)生的肌層和部位作出診斷，腫瘤標志物無明顯變化。第二種是胃神經(jīng)鞘瘤，胃神經(jīng)鞘瘤可采用術(shù)前超聲內(nèi)鏡下的穿刺活檢明確診斷，胃間質(zhì)瘤診斷主要依據(jù)胃的超聲內(nèi)鏡和腹部增強CT檢查。