非淋菌性尿道炎確診后，可采用廣譜抗生素療法，規則用藥，徹底治療。治療后復查病原體為陰性，患者自覺癥狀完全消失為治愈。本病用藥所需療程較長。患者復查可以做病原體培養及DNA檢查，根據檢驗結果及病人主訴可以明確患者是否復發。非淋球菌尿道炎的主要傳播方式是性傳播。性伴侶要同時治療，治療期間不要同房，避免進食辛辣刺激性食物，多飲水。治愈后避免不潔性生活，這是防止復發的重要途徑。