肝囊腫的手術是進行肝囊腫開窗引流，手術的目的是去除肝囊腫部分的囊壁，將囊腫內的液體吸凈。而去除的部分囊壁，作為肝囊腫的開窗，此后肝囊腫內再產生的液體可以通過，去除的部分囊壁的缺口，進入到腹腔被人體吸收，使囊腫就不會再進一步的增大，有可能會逐漸的縮小，但是完全恢復正常的肝臟形態則較為困難。肝囊腫開窗手術，主要用于較大的肝囊腫，當出現壓迫癥狀時，當囊腫突出于肝臟的表面，擠壓周圍的臟器，部分患者可能會出現合并感染。以往肝囊腫手術要進行開腹，現階段多數肝囊腫，可以通過腹腔鏡屬于微創手術中完成。對于多數肝囊腫患者，如果病灶較小、生長緩慢，而且沒有明顯的臨床癥狀，沒有必要進行手術。