硫酸羥氯喹主要可以用于治療免疫系統的相關疾病，羥氯喹通過多種途徑用于疾病的治療，其作用機制既包括與巰基的結合，也可能會涉及到對酶的影響。另外，羥氯喹還對溶酶體膜具有一定的作用，同時還可能通過對某些免疫相關細胞的抑制作用，起到免疫抑制的效果。除此之外，羥氯喹可能對于細胞因子，也具有一定的調控作用。此藥物在臨床上主要用于自身免疫性疾病的患者，可以用于類風濕性關節炎的患者，也可以用于系統性紅斑狼瘡的患者。除此之外，硫酸羥氯喹還可以用于其他的免疫系統疾病。在使用硫酸羥氯喹時需要注意，硫酸羥氯喹有可能導致患者出現視力的改變。因此在用藥前，以及用藥期間和用藥后，都應該注意眼部的檢查，包括視力、視野，以及色覺等多方面檢查。