普通的尿路感染和非淋菌性尿道炎，二者關鍵的鑒別點在于病原微生物檢測。由于致病微生物不同，在臨床表現以及治療方法上，二者也不盡相同。分析如下：1、致病菌不同：對于普通的尿路感染，其致病的病原體是普通細菌，比如常見的大腸埃希菌等。而非淋菌性尿道炎，其致病的主要病原微生物是支原體和衣原體；2、臨床表現不同：普通的尿路感染，尤其是下尿路感染，患者的主要臨床表現是尿頻、尿急、尿痛等排尿刺激癥狀，可以有下腹部的墜脹不適，也有排尿終末的肉眼血尿，一般有發熱、寒戰等全身癥狀的情況比較少見。而非淋菌性尿道炎，患者最主要的臨床表現是排尿的尿道中有膿性分泌物，這種膿性分泌物通常量比較少，呈稀薄膿性，通常不會自己流出來，要擠壓尿道后才會流出。也許有少數患者，可以有輕度的排尿刺激癥狀。對于女性患者，主要表現為婦科問題；3、治療方法不同：普通細菌導致的尿路感染，主要是應用抗菌素，如磷霉素氨丁三醇、匹美西林、呋喃妥因、喹諾酮類或者頭孢類抗生素。而非淋菌性尿道炎，主要的治療藥物是阿奇霉素和多西環素，也可以應用左氧氟沙星。