手足口病疫苗對于低齡兒童，尤其是五歲以下的兒童，有必要注射。五歲以下兒童是手足口病發病的高危人群，手足口病人群中，患病嚴重程度不同，大部分是輕癥，但是因為小部分患者會出現比較嚴重的病變，比如心肌炎、腦膜炎，甚至有的會導致生命危險。從手足口病的預防角度出發，手足口病疫苗有預防意義。手足口病疫苗主要針對腸道病毒EV71型，并不是所有導致手足口病疫苗的病毒感染，都可以通過疫苗預防，即便注射了手足口病疫苗，仍然還有可能會發生手足口病。