MRI和CT，兩者應用原理不同，CT是利用X線對人體某部一定厚度層面進行掃描，由探測器接受透過該層面X線轉變，可驗光后由光電轉換成電信號，再經模擬數字轉換器轉為數字，輸入計算機處理成像。CT是斷層成像，磁共振是一種生物磁自旋成像技術，利用原子核自旋運動特點，在外加磁場內，經射頻脈沖激勵后產生信號，用探測器檢測并輸入計算機，經過處理轉換成屏幕圖像，可以直接做出橫斷面、冠狀面、矢狀面和各種斜面體層圖像，并不像CT是斷層成像，如果要三維圖像，要計算機后處理才能重建。 磁共振優點是無輻射電離，無電離輻射、無損傷、組織分辨率高，無骨偽影，臨床應用范圍非常廣，最擅長中樞神經系統、腦、脊髓相關疾病診斷，上述部位疾病診斷比CT好得多，胸部、肺部疾病則首先CT，腹部疾病，像肝、膽、胰、脾、腎、下腹部、盆腔疾病、骨關節系統疾病，磁共振更有優勢，分辨率更高，也是首選檢查。