骨不連最好的治療方法主要通過病因進行治療，要找出造成骨不連的主要原因，這樣才能夠去除病因，并且通過其他的方法促進骨折的愈合，從而使肢體的功能逐漸的恢復。骨不連常見的原因包括局部的原因，還有全身性的原因，局部的原因常常是感染，慢性骨髓炎造成了骨不連。由于骨折部位缺少血運，也可能造成了骨折生長緩慢，從而出現骨折不愈合，一般超過8個月的骨折不愈合，叫做骨不連。所以要在手術的時候愛護軟組織，避免進一步損傷骨折部位的血運，從而為骨折愈合提供更好的營養。也應該注意去除感染因素，避免慢性骨髓炎的出現，要及時的進行清創，使骨折斷端新鮮化，使軟組織的炎癥逐漸的消失，從而為再次手術提供更好的環境。如果是全身性因素造成的骨不連，應該注意避免營養不良，避免低蛋白血癥，或者使用免疫抑制劑像糖皮質激素等，也可能造成骨不連甚至是骨壞死。所以骨不連要去除病因，通過二次手術，可以使骨折斷端進行自體植骨，或者是異體骨的植骨，這樣就可以使骨折斷端穩定，通過這種植骨，能夠達到很好的愈合。