肺泡灌洗的細胞檢查，主要是明確肺部病變是感染還是非感染性。若臨床對于肺部病原體感染，無法明確其類型是真菌感染還是結核感染，可以考慮常規進行支氣管鏡肺泡灌洗。通過支氣管肺泡灌洗培養細胞或病原菌，可以做肺泡灌洗做宏基因檢測及mNGS，明確病原菌類型，再根據檢查結果做進一步治療。還可以從肺泡灌洗當中找蛋白碎片、細胞類型，即其以巨噬細胞為主，還是以淋巴細胞為主，還是以中心細胞為主，不同細胞類型可診斷不同疾病。 也可以在肺泡灌洗里查找有沒有腫瘤細胞，尤其是支氣管肺泡癌，可以通過做肺泡灌洗的細胞學檢查有沒有惡性細胞，癌性細胞。假如找到癌性細胞，可能診斷就比較明確。所以肺泡灌洗不僅可以明確診斷，還可以進一步明確病情，以及疾病的類型是是感染性還是非感染性，是良性還是惡性，再做進一步治療。