因為結腸鏡可以觀察到包括直腸、乙狀結腸、降結腸、橫結腸、升結腸、盲腸甚至回腸末端的腸黏膜的情況，因此它可以用于診斷結直腸的炎癥、良惡性的腫瘤、結直腸的息肉、憩室等疾病。它的適用癥還包括有腹痛、腹瀉、便秘、便血等可疑的結直腸疾病和炎性腸病。鋇劑灌腸如果發現了病變而不能定性和定位，也適合做結腸鏡的檢查。回盲部的病變需要做到回腸末端的活檢，也需要做結腸鏡的檢查。由于結腸腫瘤的發病率日益增高，結腸鏡的檢查也顯得越來越重要，越來越多的可以作為單位常規體檢的項目之一。需要提醒的是，結腸鏡前要進行禁食并進行腸道準備，最常用的排泄腸道藥物即聚乙二醇電解質散。