胃間質瘤癥狀依賴于腫瘤的大小和位置，通常沒有特異性。胃腸道出血是最常見的胃間質瘤癥狀，而在食管吞咽困難癥狀往往也常見，部分患者因腸穿孔就診，可增加腹腔種植和局部復發的風險。CT、超聲內鏡、消化道造影可協助胃腸間質瘤大小，局部浸潤，轉移位置等的判斷，一般胃間質瘤都程度不同，具有潛在的惡性，其惡性程度與腫瘤的大小以及核分裂象多少相關。超過5cm的間質瘤應該在中度危險以上，對化療、放療不敏感，接受過手術治療的局限性胃腸道間質瘤患者，完整切除后，總的5年生存率為40%-55%，術后第5年的復發率變化很大，其中低危源性腫瘤為2%-15%，高危者復發率為70%-90%。目前沒有特異性的用于檢測胃腸道間質瘤復發的血清標志物。 腫瘤典型的復發部位是手術切除床、肝臟和腹膜，肺轉移罕見，所以標準做法是術后5年內每3-6個月進行一次影像學的檢查，包括腹腔和盆腔CT，之后每年評估一次。胃腸道間質瘤患者初次就診時約有11%-47%已經轉移，胃間質瘤癥狀轉移主要在肝臟、腹腔。淋巴結和腹外轉移即使在較為晚期的患者也較為罕見，轉移瘤甚至可以發生在原發瘤切除后30年，小腸胃腸道間質瘤惡性程度和淋巴轉移率最高，而食道、胃腸道間質瘤惡性程度低，胃腸道間質瘤良性也有復發的可能，但過程較慢，有的甚至在十年二十年之后，不為人們注意。