十二指腸球部潰瘍疼痛的緩解，最主要是通過臨床用藥，球部潰瘍分為有幽門螺桿菌感染的患者、沒有幽門螺桿菌感染的患者。有幽門螺桿菌感染的患者先對幽門螺桿菌進行清除，應用標準胃四聯，目前常用雷貝拉唑、阿莫西林、克拉霉素、膠體果膠鉍進行規范的2周用藥，一般情況下對95%以上的幽門螺桿菌感染的球部潰瘍患者都會有清楚的療效。 沒有幽門螺桿菌感染但是球部潰瘍發作，可以通過抑制胃酸、抑制膽汁反流進行病因清除，抑酸藥常用的有奧美拉唑、雷貝拉唑、蘭索拉唑，抑制膽汁反流的最常用的鋁碳酸鎂片。球部潰瘍患者還可以口服胃黏膜保護劑，常用的膠體果膠鉍、索法酮干混懸劑、麥滋林、瑞巴派特，胃黏膜保護劑的攝入對球部潰瘍疼痛的緩解也很有幫助。